2016年，三峡水库累计来水4086亿立方米，较多年平均值偏枯9.4%。三峡水库累计为下游补水170天，补水总量217.6亿立方米。6月5日，提前5天消落至汛限水位，为全面防洪度汛做好准备；6月，开展防洪和促进四大家鱼繁殖相结合的综合调度，有效促进了四大家鱼的自然繁殖。汛期，针对长江中下游地区遭遇自1998年以来最严重洪涝灾害的严峻形势，统筹兼顾、科学调度，成功应对50000立方米每秒的长江“1号洪峰”，避免了与长江中下游“2号洪峰”叠加遭遇，大大缓解了长江中下游地区的防洪压力；1号洪峰过后，多次协调减小出库流量，最小减小至20000立方米每秒，有效降低了长江中下游干流水位，为湖北、安徽等地防洪抢险和城市排涝等创造了有利条件。汛期，向家坝、溪洛渡、三峡梯级水库实施联合防洪调度，累计拦蓄洪水112亿立方米，流域梯级枢纽防洪效益显著发挥；三峡水库基本没有弃水，洪水资源实现有效利用。汛末，克服起蓄水位较低、上下游来水均偏枯等客观因素，提前编制蓄水方案，加强沟通协调，11月1日圆满完成175米蓄水目标。蓄水期间，三峡水库9、10月份平均下泄流量均高于批复的最低下泄流量标准，兼顾了下游地区生产生活用水需求。

  2016年，三峡船闸连续13年实现安全高效运行，过闸船舶货运量约1.2亿吨，再创历史新高；两线船闸通航率为98%，主要设备完好率达100％，保证了长江航运畅通。9月18日，三峡升船机进入试通航阶段并运行安全有序，全年安全有载运行226厢次，通过各类船舶235艘次，通过旅客2102人次，通过船舶货运量36178吨，进一步提高了三峡工程的通航能力。

  2016年，三峡电站机组运行情况良好，年发电量935亿千瓦时。通过积极开展水库群联合调度、中小洪水优化调度、及时清漂营造良好发电水头以及加大电网输出协调力度等方式，充分利用洪水资源，进一步提高三峡-葛洲坝梯级电站发电效益，实现增发电量约64.4亿千瓦时，其中三峡电站约48.6亿千瓦时，葛洲坝电站约15.8亿千瓦时。

  2016年，长江珍稀鱼类保育中心、三峡工程博物馆等三峡坝区重点规划项目有序推进，工程质量、安全、进度、成本、环保等要素控制有效；三峡坝区环境优美、和谐稳定。